Mise en œuvre du prélèvement à la source lors des arrêts-maladies

La mise en place du prélèvement à la source au 1^ier janvier 2019 engendre des interrogations pratiques. Tel est le cas de l’articulation des arrêts-maladies avec la retenue à la source.

On rappelle les dispositifs fiscaux applicables aux indemnités journalières perçues lors d’un arrêt-maladie :

• Par principe les indemnités journalières sont imposables dans la catégorie des traitements et salaires ;
• Elles peuvent être exonérées en totalité s’il s’agit d’indemnités journalières relatives à une maladie longue et couteuse prévue par l’article 160-4 du Code de la Sécurité Social ou une affection grave reconnue comme telle par le contrôle médical ;
• Elles peuvent également être exonérées à hauteur de 50% si elles sont versées dans le cadre d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle ;
• Enfin, les indemnités journalières complémentaires sont imposables si elles proviennent d’une assurance complémentaire obligatoire, et exonérées si elles sont perçues par le salarié en exécution d’un contrat d’assurance ou de prévoyance à adhésion facultative ;

Lorsque l’employeur verse lui-même les indemnités journalières au salarié, il lui appartiendra de respecter les différents régimes fiscaux applicables. Cependant, l’employeur n’est normalement pas en mesure de connaitre la maladie de son salarié et donc ne peut savoir s’il s’agit d’une affection longue durée ou non.

La doctrine administrative (BOI-IR-PAS-20-10-10 n°80 et s.) est venue indiquer les obligations à respecter par l’employeur :

Lorsqu’il s’agit d’un arrêt-maladie qui n’est pas la conséquence d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle, l’employeur qui verse les rémunérations au titre de la subrogation, doit soumettre à la retenue à la source les indemnités journalières versées au salarié durant les 60 premiers jours. Attention, la part de rémunération correspondant au maintien du salaire qui est payée par l’employeur, doit être soumise à la retenue la source même au-delà du délai de 60 jours.

Ce délai s’apprécie de date à date, cela veut dire que sur un même mois, une partie peut être soumise à la retenue à la source alors que l’autre partie non.

En cas d’arrêts-maladies consécutifs sans que le salarié n’ait repris son activité entre les deux, alors le délai de 60 jours court à compter du premier arrêt. Dans le cas inverse, le délai de 60 jours repart à zéro.

Lorsqu’il s’agit d’indemnités allouées à la suite d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle alors l’employeur doit les soumettre à la retenue à la source à hauteur de 50% des sommes versées.

Les employeurs vont donc devoir être particulièrement vigilants en cas d’arrêt-maladie des salariés.